Der kirchliche Religionsunterricht startet in der Unterstufe und wird bis Ende der obligatorischen Schulzeit weitergeführt. Der Besuch ist Voraussetzung für die Konfirmation.
Die Kinder und Jugendlichen besuchen pro Woche eine Lektion Religionsunterricht à 45 Minuten oder eine Doppellektion alle zwei Wochen. Der Unterricht orientiert sich inhaltlich am Lehrplan Kirchlicher Unterricht Evangelisch-reformierten Kirchen der Kantone St.Gallen und beider Appenzell sowie am diesbezüglichen kantonalen Leitfaden.
Einen allfälligen Verzicht auf die Teilnahme am Religionsunterricht teilen die Erziehungsverantwortlichen schriftlich vor Beginn des Schuljahres der Kirchenvorsteherschaft Ressort Kind / Jugend mit: E-Mail
In der Unterstufe wird der Unterricht in Zusammenarbeit mit der katholischen Kirchgemeinde Teufen durchgeführt und findet also in konfessionell gemischten Klassen ökumenisch statt.
Eine Ausnahme stellt die 3. Klasse der Primarschule dar, in welcher konfessionell getrennt unterrichtet wird, da die katholischen Kinder sich in jenem Jahr auf die Erstkommunion vorbereiten.
In der Mittelstufe wird der Unterricht in Zusammenarbeit mit der katholischen Kirchgemeinde Teufen durchgeführt und findet also in konfessionell gemischten Klassen ökumenisch statt.